Normalement oui, si c'est des mods "mineurs" (modifications graphiques ou de choses bien localisés) si tu fais une installations "propre" via JSGME, il ne devrait pas y avoir de problèmes... Des fois c'est marqué dans le lisez moi du mod en question si il est compatible.
Le trucs qu'il faut éviter c'est les "super mods" qui modifient presque tout, du type NYGM...
L'avantage de GWX, c'est qu'il est presque devenu la référence, la plupart des mods développés actuellement se déclarent compatible où pas avec GWX.