Déjà, la liberté religieuse, c'est Louis XVI qui l'accorde dans les années 1780. La gueus... la république

peut aller se rhabiller.
Ensuite, les Eglises fermées, le culte interdit, le clergé persécuté, c'est une réalité historique. Tu viens parler de liberté de culte? Mais le culte qui a une population écrasante (plus de 90%) est interdit!
Le régime conventionnel, comme tout régime totalitaire, s'attaque à ce qu'il ne contrôle pas et peut représenter une liberté de pensée en dehors de la doctrine officielle. En l'occurence, ce fut l'Eglise.
Maçons, Juifs et Protestants n'ont "rien remarqué", parce que la persécution ne les touchait pas, par définition.